Je pense que pour beaucoup la réponse est évidente, mais personnellement je serais bien plus partagé:
La saison1 est certes plus dense et mieux construite, et surpasse globalement la saison2, mais uniquement si on compare en prenant en compte les saisons entières.
Le problème de la saison2, c'est qu'elle est très hétérogène en terme de qualité. Certains épisodes sont génials et n'ont rien à envier à ceux de la saison1 mais il existe quelques épisodes isolés qu'on aimerait bien zapper (je vise particulièrement les épisodes 7 à 11, et aussi la fin de l'épisode21-22 pendant que j'y suis).
Voilà pour le principal défaut (selon moi), et ce n'est franchement pas dramatique, avoir du génial et quelques trucs fade vaut mieux que n'avoir que du moyen tout le long.
Il n'y qu'un seul point critique que je généraliserai à toute les épisodes: L'histoire n'avance pas assez. A l'épisode 19 moi j'étais persuadé (jusqu'au 25) que tenma connaissait enfin les sentiments d'Harima, y avait quoi sur le manga alors? Et puis le coup du "j'ai oublié tout ce qui s'est passé hier" tout à la fin ça m'a tué aussi, m'enfin.
Sinon je me suis éclaté sur cette saison et j'attends plus que jamais la suite, qui je l'espère fera vraiment avancer les choses (et dans le bon sens

PS: En fait je les vraiment confrontés finalement...